ไข่มุกธรรมชาติ คือไข่มุกที่เกิดขึ้นในหอยมุก มีทั้งมุกน้ำจืดและมุกน้ำเค็ม ซึ่งไข่มุกตามธรรมชาตินั้นเป็นไข่มุกที่เกิดขึ้นโดยอุบัติเหตุในธรรมชาติ ไม่มีนิวเคลียสหรืออาจเกิดเมื่อใส่นิวเคลียส โดยหอยมุกได้ขับสารมุกเข้าไปเคลือบนิวเคลียสและเกิดเป็นชั้น แมนเทิล หลังจากการขับสารมุกออกมา นิวเคลียสได้เกิดการเลื่อนออกจาก แมนเทิล จึงทำให้มุกที่หอยมุกผลิตออกมาไม่มีนิวเคลียสเป็นแกนกลาง มุกชนิดนี้สามารถพบเห็นได้ใน หอยมุกน้ำจืดและ น้ำเค็ม โดยสัดส่วนมุกที่หอยมุกสามารถผลิตได้มีตั้งแต่ 1มิลลิเมตร ไปจนถึง  8 มิลลิเมตร  

ไข่มุกตามธรรมชาตินั้น ถือว่าเป็นสิ่งที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติและเป็นสิ่งที่หายากในท้องตลาด และราคาขึ้นอยู่กลับความวาวผิวสีและขนาดของไข่มุก  โดยสามารถพบเห็นและแบ่งแยกได้ดังนี้   

1. มุก Keshi น้ำเค็ม

2. มุก Keshi น้ำจืด