วิธีตรวจสอบไข่มุกแท้สามารถตรวจสอบได้ 4 วิธี ดังนี้

1. การใช้เครื่อง เอกซเรย์ (X-ray radiography) ซึ่งเป็นวิธีที่ใช้กันในธุรกิจวงการแพทย์หรือทันตกรรม โดยมุกแท้จะสามารถเห็นได้จากแกนนิวเคลียสของมุกจะเป็นเส้นขนาน และมีชิ้นมุกที่หนา ส่วนไข่มุกเทียมจะเห็นเส้นไหลของแก้วภายใน และสารเคลือบที่ไม่หนา
2. วิธีการใช้ฟันในการตรวจสอบ (Teeth Test) ซึ่งเป็นวิธีการที่ ง่ายที่สุด สามารถทำได้โดยใช้ฟันมาทดสอบกับผิวของไข่มุก หากเป็นมุกแท้จะรู้สึกสากๆไม่ลื่น หากเป็นมุกเทียมจะมีความลื่นที่มากกว่า
3. หากใช้สร้อยคอไข่มุกในการทดสอบ สามารถทำการทดสอบโดยการนำไข่มุกมาถูกันเบาๆ ถ้ารู้สึกสาก แสดงว่าเป็นมุกแท้ แต่ถ้าลื่นแสดงว่าเป็นมุกเทียม
4. ถ้าเป็นมุกที่มีราคาสูง สามารถนำไปตรวจสอบที่ สถาบันอัญมณีศาสตร์จะได้ทราบถึงแหล่งกำเนิดและตรวจสอบ สีว่าเป็นธรรมชาติหรือไม่ เพื่อที่สถาบันสามารถออกไปรับรอง (certificate)สำหรับอัญมณีที่ได้รับการตรวจสอบ